Casi todo el plantel cusqueño tiene un vínculo laboral que termina a fin de año y la continuidad de muchos no está garantizada para 2026.
Cienciano es uno de los equipos más importantes de la Liga 1 2025 y actualmente se prepara para lo que será su primera participación en la fase de grupos de la Copa Sudamericana, el torneo que ya supo ganar hace 22 años. No obstante, la situación contractual de sus jugadores necesita mucho trabajo y apenas 2 jugadores tienen asegurada su permanencia en el próximo año.
Adrián Ascues y Sebastián Cavero se quedarán en Cusco hasta el próximo año de no mediar ningún inconveniente, mientras que el resto del plantel todavía no ha renovado. A la espera de ver cómo se desempeñan los futbolistas, algunas prioridades al momento de renovar para el próximo año son jugadores como el ecuatoriano Carlos Garcés, Josué Estrada y el argentino Leonel Galeano.
Por otro lado, algunos jugadores que podrían marcharse a fin de año son Christian Cueva, Alfredo Ramúa y Jimmy Valoyes. Aladino podría recibir una oferta del extranjero que no dudaría en aceptar, mientras que el volante argentino y el defensor colombiano tienen ambos 38 años de edad y estarían al borde del retiro, a menos que logren pactar con el club su retiro en la próxima temporada.
Jugadores de Cienciano que terminan contrato en 2025
| Jugador | Posición | Contrato |
| Ignacio Barrios | Guardameta | 31/12/2025 |
| Juan Cruz Bolado | Guardameta | 31/12/2025 |
| Denzel Caña | Guardameta | 31/12/2025 |
| Josué Estrada | Lateral derecho | 31/12/2025 |
| Pedro Ibáñez | Lateral derecho | 31/12/2025 |
| Leonel Galeano | Defensa central | 31/12/2025 |
| Maximiliano Amondarain | Defensa central | 31/12/2025 |
| Danilo Ortiz | Defensa central | 31/12/2025 |
| Jimmy Valoyes | Defensa central | 31/12/2025 |
| Eduardo Rueda | Defensa central | 31/12/2025 |
| Alexi Gómez | Lateral izquierdo | 31/12/2025 |
| Joao Ortiz | Lateral izquierdo | 31/12/2025 |
| Santiago Arias | Mediocampista | 31/12/2025 |
| Rudy Palomino | Mediocampista | 31/12/2025 |
| Claudio Torrejón | Mediocampista | 31/12/2025 |
| Yván Rojas | Mediocampista | 31/12/2025 |
| Harol Rodríguez Paiva | Mediocampista | 31/12/2025 |
| Christian Cueva | Mediocampista | 31/12/2025 |
| Alfredo Ramúa | Mediocampista | 31/12/2025 |
| Juan Romagnoli | Extremo derecho | 31/12/2025 |
| Luis Benites | Extremo izquierdo | 31/12/2025 |
| Gaspar Gentile | Extremo izquierdo | 31/12/2025 |
| Beto da Silva | Extremo izquierdo | 31/12/2025 |
| Didier La Torre | Extremo izquierdo | 31/12/2025 |
| Osnar Noronha | Delantero | 31/12/2025 |
| Carlos Garcés | Delantero | 31/12/2025 |
