Liste exhaustive des qualifiés pour les 16e de finale après la 6e et dernière journée de la phase de poules. Rappelons que les 3e de chaque groupe de Ligue des champions sont également qualifiés.

Issus des poules
Saint-Etienne
Marseille
Lokomotiv Moscou
Sporting
Athletic Bilbao
Partizan
Augsburg
Liverpool
Sion
Braga
Tottenham
Anderlecht
Schalke 04
Prague
Bâle
Lazio Rome
Rapid Vienne
Villareal
Naples
Midtjylland
Krasnodar
Molde
Fenerbahçe
Dortmund

Repêchés de la Ligue des Champions :
Manchester United
Shakhtar Donetsk
Galatasaray
FC Séville
Bayer Leverkusen
Olympiacos
Porto
Valence